A、B、C（約190.01公頃）三區塊，鄰近中山高安定交流道，往來南北交通便利，東為南科園區，西邊是中山高速公路，南邊隔著公滯一、公滯二與樹谷園區相鄰，北邊以線道178線與開發區塊D為界，新開闢直加弄大道橫跨其中，區塊完整，交通便利。鄰近南科園區及樹谷園區，將提供台南科學園區發展產業之相關聯產業廠商進駐，藉以形成產業群落效應。
D、E（約125.21公頃）二區塊，沿15-25M 道路以北之開發區塊，因鄰近A、B、C 區，除提供基本住宅機能外，亦可配合周邊產業發展，導入介於製造業及服務業之間的2.5級產業，提供金融、保險、餐飲，零售業、服務業、健身休閒以及必要性技術服務、研發、企業總部的用地需求，建構完整的就業及生活服務機能。
N、O區（約114.92公頃）座落於科學工業園區特定區東側，主要聯外道路部分，可藉由15-25M道路（目加溜灣大道）及3-50M道路往東銜接省道台1線後連接國道三號善化交流道，往西銜接省道台19甲線。未來將有效支援南科園區生活服務機能之需求，提供住宅等生活機能。